การจัดตั้งสมาคมปรัชญาและศาสนาแห่งประเทศไทย มาจากการรวมตัวกันของอาจารย์ที่สอนวิชาปรัชญาและ / หรือศาสนาในสถาบันอุดมศึกษาต่างๆ ทั้งภาครัฐและเอกชนตั้งแต่ประมาณต้นทศวรรษที่ 2520 โดยใช้ชื่อว่า “ชมรมปรัชญาและศาสนาแห่งประเทศไทย” กิจกรรมของชมรมฯ ขณะนั้นคือการจัดประชุมสัมมนาวิชาการเป็นประจำทุกปี โดยหมุนเวียนกันเป็นเจ้าภาพ การจัดกิจกรรมได้ดำเนินการอยู่ระยะหนึ่งและค่อยๆ ร้างราห่างหายไป จนกระทั้งในปี พ.ศ. 2539 ได้มีการรื้อฟื้นขึ้นมาใหม่ เริ่มมีการจัดประชุมสัมมนาวิชาการประจำปีในเดือนตุลาคม ตั้งแต่ พ.ศ. 2539 – 2541 โดยหมุนเวียนกันเป็นเจ้าภาพและมีผู้เข้าประชุมคราวละประมาณ 100 คน ดังนี้

• พ.ศ. 2539 ภาควิชาปรัชญา คณะอักษรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

• พ.ศ. 2540 คณะปรัชญาและศาสนา มหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ

• พ.ศ. 2541 ภาควิชาปรัชญาและศาสนา คณะมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ

     ในการประชุมสัมมนาในปี พ.ศ. 2541 ที่มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒนี้ ที่ประชุมได้ตกลงร่วมกันว่า ชมรมปรัชญาและศาสนาแห่งประเทศไทยสมควรจะจดทะเบียนให้เป็นสมาคม ในปีถัดมา (พ.ศ. 2542) ในการประชุมสัมมนาวิชาการประจำปีที่ภาควิชาปรัชญาและศาสนา มหาวิทยาลัยพายัพ จังหวัดเชียงใหม่ ที่ประชุมเห็นว่าควรให้มหาวิทยาลัยพายัพเป็นที่ตั้งสำนักงานใหญ่ของสมาคม และเริ่มดำเนินการจดทะเบียนเป็นสมาคมกับจังหวัดเชียงใหม่ ในที่สุดชมรมฯ ได้รับการจดทะเบียนให้เป็นสมาคมปรัชญาและศาสนา เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2544 สังกัดสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่มหาวิทยาลัยพายัพ วิทยาเขตแก้วนวรัฐ เลขที่ 131 ถนนแก้วนวรัฐ ตำบลวัดเกต อำเภอเมืองเชียงใหม่ จังหวัดเชียงใหม่ ทั้งนี้ในระหว่างรอผลการจดทะเบียน ชมรมฯ ยังคงจัดประชุมสัมมนาประจำปีอย่างสม่ำเสมอ กล่าวคือ ในปี พ . ศ . 2543 จัดที่มหาวิทยาลัยรังสิต โดยมีคณะศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยรังสิต เป็นเจ้าภาพ และปี 2544 โครงการหลักสูตรบัณฑิตศึกษาสาขาศาสนาเปรียบเทียบและสาขาจริยศาสตร์ศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นเจ้าภาพ

     ในการประชุมสามัญประจำปี 2545 ที่คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ซึ่งเป็นการประชุมครั้งแรกในฐานะสมาคม ที่ประชุมมีมติให้ดำเนินการขอเพิ่ม “ แห่งประเทศไทย ” ต่อท้ายชื่อสมาคม วันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2546 สมาคมปรัชญาและศาสนาได้รับอนุญาตให้ใช้ชื่อว่า สมาคมปรัชญาและศาสนาแห่งประเทศไทย